Przed zabiegiem pacjent podpisuje formularz zgody na biopsję, ma wówczas możliwość uzyskania odpowiedzi na pytania związane z przebiegiem badania i wyjaśnienie innych wątpliwości dotyczących diagnostyki cytologicznej. Lekarz zadaje wówczas pacjentowi pytania na temat wcześniejszej diagnostyki i leczenia oraz zapoznaje się z wynikami badań chorego. Wykonanie biopsji poprzedza ultrasonografia (USG) tarczycy, która umożliwia optymalny wybór zmian i ich części do wykonania BAC. Badanie USG pozwala też na monitorowanie toru wkłucia igły podczas biopsji. Oba badania są wykonywane u pacjentów znajdujących się w pozycji leżącej na plecach z wałkiem umieszczonym pod szyją. Przed nakłuciem wybranych zmian lekarz uprzedza pacjenta o konieczności powstrzymania się od połykania i mówienia w czasie biopsji, odkaża skórę i wykonuje nakłucia różnych obszarów zmian/y. Podczas biopsji wykorzystuje się strzykawki jednorazowe, uchwyt strzykawki (aspirator), oraz igły o średnicy zewnętrznej 0,4 0,5 mm. Po usunięciu igły zakłada badanemu w miejscu wkłucia opatrunek. Po badaniu pacjent proszony jest o powstrzymanie się od wykonywania ciężkich ćwiczeń fizycznych i dźwigania znacznych ciężarów w dniu biopsji.