Uzyskany materiał jest rozprowadzany na szkiełkach podstawowych. W przypadku nakłuwania zmian torbielowatych preparat mikroskopowy sporządza się także z osadu uzyskanego płynu po zastosowaniu techniki cytowirowania. Preparaty są utrwalane w 96% alkoholu etylowym, następnie barwione hematoksyliną i eozyną i przekazywane patologowi do oceny wraz ze skierowaniem zawierającym poza danymi topograficznymi badanej zmiany także istotne dane kliniczne (w tym dane o obecności klinicznych i ultrasonograficznych cech ryzyka raka tarczycy, wyniki wcześniejszych badań cytologicznych i/lub histopatologicznych tarczycy, wyniki oznaczeń hormonalnych i oceny przeciwciał przeciwtarczycowych, informacje na temat stosowanego obecnie i w przeszłości leczenia tarczycy, oraz występujących u pacjenta i wśród członków najbliżej rodziny chorób nowotworowych).